丹参采收期在生长1年或1年以上，根部化学成分达到质量标准（丹参酮ⅡA含量0.30%以上，丹参素含量1.2%以上）时即可采收。采收季节为春、秋两季，最适宜采收时间为种植第二年霜降至冬至。当丹参地上植株茎秆由绿色转为枯黄，叶片老化易落且土壤墒情适宜时，选择晴天开挖。开挖过早根茎过于鲜嫩、不充实且水分多，折干率较低；过迟延后至第三年春季采挖，根茎因新芽萌发消耗养分，造成质量变差。
干燥好的药材丹参应暂时储存在通风干燥处，堆放在垫高50厘米的储存架上，以利通风防潮、防霉。商品丹参以足干，呈圆柱形，条短粗；表面红棕色，断面疏松，色红、黄或棕；气微，味甘微苦；无芦头，无杂质，无霉变者为佳。
将除杂后的丹参根置于通风处阳光下晾晒至五六成干，堆积发汗3～5天，待内部水分外渗、表皮转软后，将丹参根捋直，再晾堆1～2天，根条内芯由白色转为紫黑色时，把须根全部捏断，晒至足干（含水量12%以下，手感药材干燥，折之即断）即为丹参药材。
目前以人工采挖为主，丹参采挖机机械采收尚未得到普及应用。人工采挖时，先将地上茎叶除去，在畦面一侧顺垄沟逐行采挖，挖深沟使参根露出，挖出完整的根条，注意不要挖断。挖出参根后，置原地晒至根上泥土稍干燥，剪去杆茎、芦头等地上部分，除去泥土，装筐，避免清理后的药材与地面和土壤再次接触。采收人员要身体健康，无传染病和外伤；采挖时尽量深挖，不要硬拔；装运时勿挤压、踩踏，以免药材受损伤；装筐后的药材及时运到晾晒场，运送过程中不得遇水或淋雨。
丹参活血化瘀，茯苓健脾利水的作用医学家们以丹参为主，多配合三七、西洋参、降香、川芎、枳壳、当归、鸡血藤、郁金成汤(散)剂，治疗冠心病出现的心悸、心慌、胸闷、气促、心痛等症状，收到效好的临床效果。
