白芷出苗后苗高4~7厘米时进行间苗，通常结合间苗进行中耕除草，合理追肥是提高白芷产量和质量的关键，白芷播种后的翌年5~6月，有少数植株生长过旺，会抽薹开花，应及时拔除，苗期也应保持土壤湿润，以防出现黄叶，产生较多侧根。
大灰象甲主要危害白芷幼苗，造成断垄，严重影响白芷的产量和品质，一般造成10%～20%的减产，严重年份可减产达40%以上。
白芷灰斑病导致药材植物叶片出现大面积的病斑，以菌丝块在土表病残组织上越冬。翌年产生分生孢子，靠风雨淋溅传播。侵染适温20-23℃，缺肥田及偏旋氮肥田，通风不良，低洼地，多雨、潮湿时发病重。
白芷种子一般在7月份采收， 在种皮呈黄绿色时进行，此时种子的成熟度较好，不老也不嫩。采种时注意选取一级侧枝上结的种子，依成熟度分批剪下种穗，扎成小捆，挂于阴凉通风处(种子怕雨淋、日晒、烟熏)，在播种之前再从小穗上把种子抖落。也有的阴干后即搓下种子，贮于布袋中，放通风干燥处存放。白芷种子不宜久藏，隔年陈种易丧失发芽力。
白芷如何留种？白芷留种方法：收获白芷时，选粗细均匀，大小适中和健壮、无病虫害的根，移栽于种子田。种子田选择土质肥沃，有排灌条件的土地，深翻30cm，按株行距各60cm，挖30cm左右深的坑，每坑施土杂肥1.5--2kg，与土混匀，在将白芷根栽于坑内，填土踩实、浇水。
