菊花病毒病在菊花上表现为轻花叶或无症状，感病品种可以形成重花叶和坏死斑，也可表现为花色不正常，植株矮小，有时使叶片变形或形成耳突，有时则在叶片上产生白色环线状斑纹。由于菊花品种、生长期及栽培环境不同以及病毒造成的复合感染，症状表现很复杂。
菊花绿萼病又称菊花黄化病，植株感病后花变成绿色，花茎部分变细、变黄，随着植株的生长，小花逐渐由绿色变成乳白色。病害主要由叶蝉等多种媒介体传播，嫁接和菟丝子也能传播。类菌原体专一性不强，寄主范围很广，可侵染菊花、土木香、长春花和红车轴草等。
菊花脉斑驳病会在染病株叶片上出现脉纹状黄色斑驳，致叶片不舒展，有的花朵小或不能开放，影响植株生长发育及观赏。病毒粒体线条状，大小700nm除侵染菊花外，还为害野菊、野生烟及克利夫兰烟。能使矮牵牛产生黄色局部斑。通过汁液接种和嫁接及菊小长管蚜等进行传播。
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菊花白绢病在成株期主要为害茎基部及茎部，引致根腐、茎基腐。茎基部和茎秆染病后，可致病部以上枯黄，叶片脱落。茎蔓病部长出白色疏松或线状菌丝体紧贴其上，后期在菌丝体上形成白色至褐色或黑褐色油菜籽状小菌核，小菌核散生或聚生。
菊花锈病主要危害叶片，也可危害茎秆。病初在叶背产生淡黄色斑点，并出现隆起的淡褐色或铁锈色疱状物。叶面出现淡黄色斑点，稍凹陷，不久疱状突起开裂，散出黄褐色粉末。温暖高湿有利于发病。4一5月份雨季及秋末多雨天气发病较重。
